EC-CUBE3では管理画面のサイドメニューに簡単にメニューを追加することができます。

管理画面にメニュー追加

見た目の修正なのでテンプレート(twig)を編集…かと思いきや、修正する必要があるのはServiceProviderです。
実際にはServiceProviderでやらなくても良いと思いますが、読み込まれている適当なServiceProviderに以下の記述を行います。

        $app['config'] = $app->share($app->extend('config', function ($config) {
            $nav = array(
                'id' => 'admin_new_menu',
                'name' => '新規メニュー',
                'url' => 'admin_new_menu',
                'has_child' => 'false',
                'icon' => 'cb-chart',
                'child' => array(
                    array(
                        'id' => 'xx_submenu1',
                        'url' => 'xx_submenu1',
                        'name' => 'サブメニュー1',
                    ),
                ),
            );

            $config['nav'][] = $nav;

            return $config;
        }));

このようにapp.config.navにメニュー配列を追加することでメニューを増やすことができます。
逆に必要のない項目はこの配列から削除してやれば取り除くことができます。

EC-CUBE3をご利用の方はぜひお試しください。