EC-CUBE4をインストールする際に「mod_rewrite が有効になっているか不明です。」という警告が表示されることがあります。

黄色背景で表示されるのでドキッとしますが、レンタルサーバーの場合ほとんど気にする必要はありません。
(下の画像のように黄色背景で警告が表示されます。)
mod_rewriteが有効になっているか不明です

警告の理由はWEBサーバーソフトがApacheではないためです。おそらくほとんどの場合エックスサーバーのようにNginxを使用したサーバーかと思われます。
大抵のレンタルサーバーでそのままインストール可能ですが、自作環境の場合は本当にmod_rewriteの有効化忘れをhttpd.confなどで確認してみてください。