EC-CUBE公式の二段階認証有効期限のクッキーはデフォルトで1時間=3600秒に設定されています。
.envに下記のように書くことで期限の変更が可能です。
PLUGIN_ECCUBE_2FA_CUSTOMER_EXPIRE: 7200
PLUGIN_ECCUBE_2FA_ROUTE_CUSTOMER_EXPIRE: 7200
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[重要]現在公式にセキュリティサポートが切れていないPHPは8.1以上、MySQLは8.0以上で、対応しているEC-CUBEバージョンは4.2以上です。古いEC-CUBEを使っている方は適切なタイミングでバージョンアップをご検討ください。