EC-CUBE3のポイントプラグインでは、ポイント数はplg_point_customerデータベースに保存されています。
このデータはレポジトリ$app[‘eccube.plugin.point.repository.pointcustomer’]を利用して簡単に取得可能です。

$point = null;
// ログインしているかどうかチェック
if($app->isGranted('ROLE_USER') && isset($app['eccube.plugin.point.repository.pointcustomer'])){
// ポイントプラグインのレポジトリにあるメソッドを使用
 $point = $app['eccube.plugin.point.repository.pointcustomer']->getLastPointById($app->user()->getId());
}

テンプレートに渡す場合、次のようなコードでポイント数を取得し、テンプレートに渡してやればページに表示することができます。

return $app->render('index.twig', array('point' => $point));

ポイントプラグインの仕組みを押さえておけば、サイトによってはレポジトリを拡張してユーザーのポイントランキングを作ったりと様々なことができそうです!