EC-CUBE3では、商品個別送料の計算はShoppingServiceクラスが請け負っています。
getProductDeliveryFeeメソッドが担当ですので、ご自身のビジネスに合わせてカスタマイズしたい場合はこのメソッドをごにょごにょしてください。
商品個別送料を商品ごとに1回のみ計算したい場合は、getDeliveryFee()にgetQuantity()を掛けないようにします。

EC-CUBE3はカスタマイズが楽になりましたね。

※具体的な動作確認はしていませんので、カスタマイズはご自身の判断で行ってください。