EC-CUBEではバージョン3.0.14あたりからカテゴリーを登録する際に親カテゴリーも同時に登録する仕様と変更されました。
場合によっては便利なのですが、サイトによっては親カテゴリーを登録したくない場合もあるかと思います。

そういった場合は商品登録画面に該当するProductControllerを修正することで対応可能です。

src/Eccube/Controller/Admin/Product/ProductController.php
editメソッド内に同時に親カテゴリーを登録しているコードがあるので削除します。

上のコードを削除することで子カテゴリーだけを登録することが可能です。