EC-CUBEではバージョン3.0.14あたりからカテゴリーを登録する際に親カテゴリーも同時に登録する仕様と変更されました。
場合によっては便利なのですが、サイトによっては親カテゴリーを登録したくない場合もあるかと思います。

そういった場合は商品登録画面に該当するProductControllerを修正することで対応可能です。

src/Eccube/Controller/Admin/Product/ProductController.php
editメソッド内に同時に親カテゴリーを登録しているコードがあるので削除します。

                	// 同時に親カテゴリーを登録している部分
                    foreach ($Category->getPath() as $ParentCategory) {
                        if (!isset($categoriesIdList[$ParentCategory->getId()])) {
                            $ProductCategory = $this->createProductCategory($Product, $ParentCategory, $count);
                            $app['orm.em']->persist($ProductCategory);
                            $count++;
                            /* @var $Product \Eccube\Entity\Product */
                            $Product->addProductCategory($ProductCategory);
                            $categoriesIdList[$ParentCategory->getId()] = true;
                        }
                    }

上のコードを削除することで子カテゴリーだけを登録することが可能です。