EC-CUBE3の場合

app/config/eccube/config.ymlの一番下にdefault_page_countの設定項目を1行追加します。
これだけでマスタのデフォルト表示件数を変更することが可能です。

受注マスタや商品マスタで件数を変えたいということであれば、それぞれのソースを修正していく必要があります。

EC-CUBE4の場合

app/config/eccube/packages/eccube.yamlのeccube_default_page_countを変個するか、新しくYAMLファイルを作ってparameters:にeccube_default_page_countを設定します。