SSHからマイグレーションなどapp/consoleのコマンドを実行しようとした際に、ドクトリンのキャッシュファイルを書き込めないために発生するエラーです。

通常app/cache/doctrine/proxiesは所有者もグループもapacheとなるため、コマンドラインから他のユーザーでapp/consoleを実行した場合に上記エラーが発生します。

apacheユーザーとしてマイグレーションを実行するか、SSHでログインしているユーザーに権限を与えてやることで解決可能です。

PHP Fatal error: Uncaught Doctrine\Common\Proxy\Exception\UnexpectedValueException: Your proxy directory “/var/www/src/Eccube/../../app/cache/doctrine/proxies” must be writable in /var/www/vendor/doctrine/common/lib/Doctrine/Common/Proxy/Exception/UnexpectedValueException.php:40

上のエラーが発生した時はapp/cache/doctrine/proxiesの所有者や権限を確認して見てください。