開発メンバー全員のルールを揃えておくことが重要です。

dtb_tax_ruleテーブルのcalc_ruleの設定値は次の表の通りです。

calc_rule 方式
四捨五入
切り捨て
切り上げ

これをマイグレーションで自動変更するには下記のようなマイグレーションファイルを作成、実行します。

<?php

namespace DoctrineMigrations;

use Doctrine\DBAL\Migrations\AbstractMigration;
use Doctrine\DBAL\Schema\Schema;

/**
 * Auto-generated Migration: Please modify to your needs!
 */
class Version20181105054257 extends AbstractMigration
{
    /**
     * @param Schema $schema
     */
    public function up(Schema $schema)
    {
        $this->addSql('UPDATE dtb_tax_rule SET calc_rule = 2 WHERE tax_rule_id = 1');
    }

    /**
     * @param Schema $schema
     */
    public function down(Schema $schema)
    {
	    $this->addSql('UPDATE dtb_tax_rule SET calc_rule = 1 WHERE tax_rule_id = 1');
    }
}

EC-CUBE3のチーム開発では是非ご活用ください。