弊社ではショップ設定を変更する時は必ずマイグレーションファイルの実行により行います。
例えば初期状態では有効になっている仮会員を無効にしたり、自動ログイン機能をONにすることを前提にカスタマイズを行なっていく場合などです。

$ php app/console migrations:generate

上記コマンドを実行することでマイグレーションファイルが作成されます。
upメソッドを次のように書き換えます。

    /**
     * @param Schema $schema
     */
    public function up(Schema $schema)
    {
        $app = Application::getInstance();
        /* @var $BaseInfo BaseInfo */
        $BaseInfo = $app['eccube.repository.base_info']->get();

        $BaseInfo
            ->setOptionRememberMe(Constant::ENABLED) // 自動ログイン有効
            ->setOptionCustomerActivate(Constant::DISABLED) // 仮会員無効
            ;
        $app['orm.em']->flush($BaseInfo);
    }

php app/console migrations:migrateを実行するとショップ設定が変更されます。
これにより開発者全員でショップの設定を共有することができます。

また、会社名などをマイグレーションで設定すると全員の設定作業を省くことができ便利です。

        $BaseInfo
            ->setCompanyName('株式会社○○');

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