本日から軽減税率を含めた新税制が施行され、ECサイトはどこも週末から税率変更の対応に追われていたかと思います。
EC-CUBEでは管理画面の税率設定から税率を変更できるので簡単にサイトの全体の税率を変更可能です。

軽減税率対象外のサイトは全体の共通税率設定税率を10%に変更し、送料や手数料、送料無料価格の価格を変更すればほぼ作業完了です。
(EC-CUBE3では送料や手数料、送料無料価格は税込での設定になるためです)
ただし過去のEC-CUBE、特にバージョン3系では消費税の軽減税率に使用する商品別税率機能に不具合があったため、使っているバージョンが対象ではないか確認することが必須です。

特に致命的なのはこちらの個別税率を設定しても消費税率が反映されないという不具合です。3.0.13で改善されているので、3.0.12をご利用の方はご注意ください。
商品別税率設定が動作していない #1969
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/1969