下記メソッドをOrder.phpに追加すれば$Order->getProductTax()で商品だけの消費税額を計算できる。proxyがある場合は当然proxyの方に追加が必要。
EC-CUBE4ではOrder.phpのgetTaxメソッドが非推奨となっているので全体の税額も独自に計算した方がいいかも。